1949年，中国人民解放军解放新疆的进军途中，第一兵团司令员王震指示创办了中国人民解放军第一兵团卫生学校（1978年发展为石河子医学院），成为石河子大学的前身。

　　1958年，兵团党委创办兵团农学院（1979年改名石河子农学院），1959年创办了兵团会计培训队（1987年发展为兵团经济专科学校），1960年创建了兵团师范专科学校（1983年成立兵团教育学院）。

　　1996年，石河子医学院、石河子农学院、兵团经济专科学校和兵团师范专科学校合并组建石河子大学。

　　2000年，入选国家西部大开发重点建设高校。

　　2004年，入选省部共建高校。

　　2008年，入选国家“211工程”重点建设高校。

　　2012年，入选“中西部高校基础能力建设工程”高校和“中西部高校综合实力提升工程”（一省一校）高校。

　　2017年，入选国家“双一流”（一流学科）建设高校。

　　2018年，成为教育部与新疆生产建设兵团“部省合建”高校。

　　2022年，入选新一轮国家“双一流”建设高校。

　　『办学定位与目标』

　　学校完整准确贯彻新时代党的治疆方略，牢牢扭住社会稳定和长治久安总目标，始终坚持“立足兵团、服务新疆、面向全国、辐射中亚”的办学定位和“以服务为宗旨，在贡献中发展”的办学理念，形成了“以兵团精神育人，为维稳戍边服务”的办学特色，成为教育戍边、科技强边、文化固边的重要力量。目前，石河子大学正朝着建设西部一流、国际知名的有特色高水平大学目标迈进。

　　『学校荣誉』

　　2000年，全国普通高校毕业生就业工作先进集体。

　　2009年，首批全国毕业生就业典型经验50所高校。

　　2010年，全国普通高等学校毕业生预征工作先进集体。

　　2017年，全国首批深化创新创业教育改革示范高校、第三批“全国高校实践育人创新创业基地”。

　　2019年，全国党建工作示范高校”培育创建单位。

　　2020年，全国文明校园。

　　2021年，全国民族团结进步示范单位、首批全国高校毕业生就业能力培训基地。

　　2022年，“全国党建工作示范高校”建设单位。

　　『机构设置』

　　学校现有党政机构20个，群团组织2个，教学机构23个，教辅机构10个，科研机构4个，附属单位5个。

　　『学科、专业设置』

　　学校现有经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、管理学、艺术学11大学科门类。学校有100个本科专业（招生专业85个）（28个国家一流专业建设点、20个省级一流专业建设点）、9个一级学科博士学位授权点（应用经济学、生物学、机械工程、化学工程与技术、农业工程、作物学、园艺学、畜牧学、工商管理）、1个专业学位博士授权点（土木水利）、30个一级学科硕士学位授权点、30个专业学位硕士授权点。4个博士后科研流动站、2个博士后科研工作站。现有国家一流建设学科1个（化学工程与技术）、国家重点学科1个（作物栽培学与耕作学）、部省合建学科群2个（化学工程与技术、农业工程）。临床医学、农业科学、化学、植物与动物科学、工程学5个学科进入ESI全球前1%。

　　『科学研究』

　　学校紧密围绕国家战略和区域重大需求，深入实施创新驱动发展战略，以深化科研体制机制改革为动力，强化基础研究和应用研究，促进科技成果转化，发挥大综合、强应用的学科优势，坚持产学研一体化道路，在“荒漠绿洲区高效农业与生态、动物遗传改良与疾病控制、新疆地方与民族高发病防治、新疆农产品高效贮藏与深加工、新疆特种植物药资源与开发、化工绿色工艺及新型材料技术、新疆特色农业生产机械化技术与装备、干旱区节水灌溉理论与技术、新疆生物资源保护与利用、空间信息技术与3S应用、新疆绿洲经济社会发展、新疆非物质文化遗产、中亚教育与人文交流、新疆少数民族教育发展与教育政策”等具有区位优势和特色的研究领域取得了突破性进展。

　　近五年来，学校主动承担国家、兵团重大科研任务，立项各级各类项目2306项，科研总经费近8.9亿元。获省部级以上奖励110余项，获第八届高等学校科学研究优秀成果奖（人文社会科学）三等奖1项，36项成果获得自治区哲学社会优秀成果奖，其中一等奖5项，二等奖4项，三等奖8项，优秀奖19项，获奖数居新疆高校前列。