由深圳援疆前指、喀什经济开发区、喀什市人民政府于2013年4月组建，2015年成功申报“国家级科技企业孵化器”资质，是南疆唯一的国家级科创孵化器。2018年6月，深喀科技创新服务中心和深喀创业创新管理服务中心在深圳城揭牌，2022年7月，中国科技开发院喀什基地启用。

科创中心运营管理采用“1+N”模式，即由1家综合运营平台服务主体和若干个专业孵化平台载体具体负责建设运营，政府采取政策扶持方式支持参与项目的市场主体。为进一步提升双创工作质量，充分发挥深圳科技援疆特色，2021年9月，深圳援疆前指、喀什经开区联合引进国内一流科技创新综合服务运营商一中国科技开发院，做为“1”代运营深喀科技创新服务中心。自2021年中国科技开发院有限公司受深圳援疆前指委托接手科创中心运营管理以来，实现喀什经开区孵化总面积、孵化载体倍数增长，新增8家国家高新技术企业、42家科技型中小企业、3家“专精特新”企业，不断为喀什科技创新主体集聚、科技驱动提升、创新层次发展提供助力，为喀什产业发展注入源源动力。截至2023年底，深圳累计投入援疆资金8795.25万元，支持科创中心建设。